תפקיד החונך בשנת ההתמחות מרכזי ומשמעותי בעיצוב הזהות המקצועית של המתמחים. הוא כולל ליווי אישי שבועי המשלב תמיכה פדגוגית ותמיכה פסיכו-פדגוגית – רגשית וחברתית.
לאורך השנה עוקב החונך אחר תהליך ההתפתחות של המתמחים ומסייע להם להיקלט בסביבת בית הספר, להתמודד עם אתגרי תפקיד ההוראה, ולפתח כשירויות מקצועיות. המורה החונך פותח בפני המתמחים הזדמנויות לצפות בעבודתו החינוכית כבסיס ללמידה מקצועית.
במסגרת הליווי החונך שותף בתהליכי הערכה של המתמחים, הכוללים צפיות בשני שיעורים לפחות בכל מחצית, שיחות הכנה לצפיות ושיחות משוב לאחריהן, וכן שיגור הערכה מעצבת באמצע שנה ושיגור הערכה מסכמת בסיום שנה במערכת הערכת מתמחים המקוונת בפורטל עובדי הוראה.